生物菌肥是以微生物的生命活動導致作物擁有特定肥料效應的一種制品，是農業中使用肥料的一種。它有以下特殊作用：
    **、提高化肥利用率：隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產量是有限的，更何況還有污染環境等一系列的問題。為此各國科學家一直在努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題上有獨到的作用。所以，根據我國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
    **、綠色食品：隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，國內外都在積極發展綠色農業來**、無公害的綠色食品。綠色食品過程中要求不用或盡量少用化學肥料、化學農藥和其它化學物質。它要求肥料**首先保護和促進施用對象生長和提高品質；其次不造成施用對象產生和積累有害物質；三是對生態環境無不良影響。微生物肥料基本符合以上三原則。我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農產品污染，而且能夠改善農產品的品質。
    第三、改良土壤：微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，在一定的條件下，還能參與腐殖質形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性狀，有利于提高土壤肥力。