傳統習慣上，常將肥料按成分分為化肥和有機類肥料。微生物有機肥在大類上屬于有機類肥，但目前更多將其列為新型肥料中的品種。傳統有機肥多來自動植物的廢棄物，有效養分含量低，肥效相對低。

    微生物有機肥是指特定功能微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農作物秸稈等)為來源，并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的，一類兼具生物肥和有機肥效應的肥料，生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤，促使被土壤固定的養分釋放。

　　而微生物有機肥利用微生物的作用，將原來的廢棄物、人畜糞便、各種秸稈甚至污染物發酵后變成具有活性的多功能有效肥料，使用后通過其中所含的大量有益微生物的活動，增進土壤肥力，刺激和調控作物生長，增強抗逆和抗病能力。

　　現在，我國面臨耕地復種指數高、力下降，作物病害頻發，農業效益下降等的問題，可以說，與傳統肥料相比，微生物有機肥在保護生態、農業廢棄物資源利用、提高肥料利用率和作物產量質量等方面具有明顯優勢，它是一種“環境友好型肥料”。

　　美國出版的《微生物養活**》一書，強調通過調控土壤微生物區系能夠增產20%，減少20%的化肥與農藥，是未來環境友好、經濟有效農業的新出路。我國發展微生物有機肥能有效支持農業可持續發展，在加強耕地質量建設、提高科學施肥水平等方面挑起“四兩撥千斤”重任。