生物有機肥的技術含量相對較高，除了在腐熟過程中要加入促進有機物料腐熟、分解的生物菌劑，以實現定向腐熟、除臭等目的外，在產品中還需要加入具有特定功能的微生物，以提升產品的作用效果。目前，我國從管理上將生物有機肥納入微生物肥料范疇，實施比有機肥更為嚴格的管理措施，以促進有機肥的健康發展。 

1.工藝 

在農業部獲得登記的生物有機肥企業，基本上以從事微生物肥料為主，在發酵工藝上，多采用槽式堆置發酵法，還有其他的發酵方法，如：平地堆置發酵法、發酵槽發酵法、密封倉式發酵法等在中也擁有了應用。在發酵腐熟過程中物料的水分、碳氮比、溫度等的調節及腐熟劑的使用是工藝的關鍵，特別是菌劑的應用直接影響著物料發酵的周期及腐熟程度。經過腐熟的物料基本實現了產品的無害化，從而也有利于后處理過程中所加入功能菌的存活。 

2.技術 

在發酵物料的后處理方面，大多數企業加入功能菌進行復配、定形，產品劑型以粉塵為主，但也有采用滾筒造粒或擠壓造粒的。顆粒產品克服了粉劑產品外觀差、層次低的缺點，提高了產品的商品性，但同時也提高了企業的成本，并對有效菌的存活產生了一定影響。 

3.菌種種類與使用 

微生物菌種是生物有機肥料產品的核心，在過程中，一般有兩個環節涉及到微生物的使用：

一是在腐熟過程中加入促進物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌劑，其多由復合菌系組成，常見菌種有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放線菌、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細菌、乳酸菌、假單胞菌、放線菌等為主，在產品中發揮特定的肥料效應。因此，對生物有機肥來說，微生物菌種的篩選、使用是一項核心技術，只有掌握了這一項關鍵技術，才能加快物料的分解、腐熟，以及保證產品的應用效果。 

4.銷售與應用 

由于生物有機肥相比普通有機肥成本較高，主要應用在蔬菜、水果、中草藥等高附加值的經濟作物上，并取得了較好的效果。

生物有機肥在改善農產品品質方面發揮著不可替代的作用！近年來，生物有機肥在一些生態示范區、綠色和有機農產品基地擁有了較為廣泛的應用，這是生物有機肥今后發展的主要方向。隨著綠色有機農產品規模的擴大和人們消費水平的提高，生物有機肥的應用必是主流。