與普通有機肥相比，生物有機肥的技術含量相對較高，除了在腐熟過程中加入促進有機物料腐熟、分解的生物菌劑，以實現定向腐熟、除臭等目的，并且在產品中加入具有特定功能的微生物，以提升產品的作用效果。至2010年在農業部獲得產品登記證的企業達120 多家，年產量約200多萬t，已具備一定的規模。這些企業的起點較高，年設計能力多是中型(2萬～3萬t)或是大型企業(3萬～5萬t)，也有部分超大型(5萬t 以上)企業。吉林省及東北地區大約有20多個中小規模生物肥廠家，但由于各個廠家的條件、技術水平及工藝的差別，的產品質量不盡相同，也還沒有形成產業化，遠遠滿足不了生態農業和綠色食品的需要。
為適應機械化作業的需要，目前農業中應用的生物有機肥多為顆粒劑，主要應用于糧食作物、飼料作物、經濟作物和蔬菜上，并取得了較為明顯的效果。 一、生物有機肥在經濟作物上的應用
有報道顯示，生物有機肥可以使煙株及時由氮代謝為主轉為碳代謝為主，為形成**煙奠定了物質基礎；增強煙株的生理代謝，增強煙葉香氣。在棉花上的研究也證明生物有機肥能提高棉花產量。 二、生物有機肥在蔬菜上的應用
在蔬菜上研究表明：生物有機肥的施用能大幅度提高蔬菜根系活力，及提高豆類和瓜類植株葉片葉綠素含量，明顯提高各種蔬菜食用部位可溶性糖含量。利用菠蘿葉渣生物有機肥，可提高蔬菜產量，縮短種植周期，提高蔬菜品質。生物有機肥料在菠菜上的應用效果研究表明菠菜施用生物有機肥料，長勢旺盛，葉色鮮綠，葉片寬大、有光澤，耐儲運。在豆、辣椒、包菜上的研究結果指出生物有機肥可促進作物維生素c和β—胡蘿卜素含量，降低硝酸鹽的含量。在茄子上的研究表明其增加了可溶性糖降低了硝酸鹽，同時維生素C也有上升。也有報道指出生物有機肥有效地降低了覓菜與芹菜可食部分的硝酸鹽含量與芹菜的粗纖維含量。
三、生物有機肥在糧食作物上的應用
研究表明，以生物有機肥作基肥能使玉米莖稈鮮重增加，空稈率降低，而在出子率、千粒重、穗粒數、穗粗、穗長上都有不同程度的提高。已經通過試驗證明，施用生物有機肥能使水稻增產達到顯著水平。大豆應用生物有機肥均表現比等養分常規肥料增產的效果。有學者研究表明以生物有機肥作大麥基肥，在大麥生長前期可促進根系生長，增加干物重、分孽率，使有效穗數增加，增產11%～19%，此外還提高大麥抗逆性，減少倒伏和凍害。 四、生物有機肥在果樹上的應用
有人研究了生物有機肥對果樹的效果，說明施用生物有機肥可顯著增加蘆柑、龍眼、荔枝的產量，提高蘋果與柑橘的外觀與內在品質。也有報道在蘋果上的結果表明施用生物長效有機肥能明顯改善蘋果品質。
目前，我國對于生物肥料效應尚缺乏系統的評價體系，已經報道的研究結果證明，生物肥料能夠增加作物產量、改善農產品品質、提供和活化養分、節省化學肥料、拮抗土傳病害等多功能。但是，沒有從南方到北方、從東部到西部的****性的生物肥料試驗網，無法對**評價和認識不同生物肥料(菌株不同)在不同地區、土壤類型、作物種類的肥效，生物肥料在不同狀況下的應用效果和機制并不完全清楚。
我國微生物肥料研發與存在亟待解決的問題較多，其中*為重要的是與微生物肥料的質量相關的保活材料。微生物肥料中菌的數量保持、菌的存活時間的長短是微生物肥料重要的指標，保護劑、助劑是確保微生物肥料質量的關鍵，是國外微生物肥料中的保密性*強的核心技術。我國由于缺乏這類核心技術，生物肥料產品中的菌株生存時間短、活性差，適應環境能力和生存定殖能力較低、產品效果不穩定及成本高等問題，導致生物肥料的大量和大范圍的應用受到限制。我國生物肥料中的菌株存活時間較短，按照我國***微生物肥料標準，固體菌劑中的有效活菌數在 6～12個月保持2.0×109cfu/g；液體菌劑中的有效活菌數3～6個月保持5.0×109cfu/mL。遠遠低于國際現行技術能夠達到的標準。液體生物肥料中，有效的微生物肥料保護劑、助劑、分散劑的研究在我國仍相當落后。我國保持生物肥料的生理活性的核心技術比國外落后約30年，亟待加強能保持生物肥料的旺盛活力的生物保活材料的研究與開發。