施用有機肥料，尤其施用新鮮的有機殘體，能促進土壤有機物質的轉化作用，活化土壤潛在肥力并保持土壤能量的積累。土壤動物活動既消耗有機質，也能促進能量的轉移。在植物物質、土壤動物、土壤微生物和土壤腐殖質臺成的食物鏈循環中，能量的流向*終是腐殖質。

有機物質如苜蓿殘茬的腐殖化過程，有利于增加土壤能量。尤其是苜蓿根系腐殖化過程中的貧能物質淀粉和纖維素、半纖維素相對減少，而富能化合物蛋白質、木質素則相應地增加。研究結果表明，腐殖質化的苜蓿根系的比內能（即考慮土壤孔隙度情況下，每立方厘米土壤的千卡數）比新鮮根的要高得多。因此，含碳有機物進入土壤及腐殖化過程，可促使土壤比內能增加。

在一定程度上，土壤能量受加入土壤的有機物質數量的影響。而有機物質的產量又受氣候等因子的制約。那么，氣候因子間接影響土壤能量。我園南方耕作土壤每年合成的有機物質數量及形成的生物貯存量遠近大于北方，由于植物種類不同，合成的有機物質的化學組成存在一定差異，并影響到還田土壤有機物質成分及參與物質轉化的生物、生物化學過程。因此，還田的有機物質種類影響著成土的過程和方向。