生物有機肥的工藝主要是其中有機肥從原料到半成品的工藝。

在上主要應用的工藝有兩種，一種是平面條垛式堆肥工藝，一種是槽式好氧發酵工藝。此外，實驗室小規模試制還有采用密封箱/罐式發酵。

1、平面條垛式堆肥工藝。

生物有機肥流程圖：原料處理--加菌--混合--建跺--翻堆--二次加菌--混合--檢驗--包裝--出廠

優點：投資小、工藝相對簡單

缺點：占地面積大、腐熟不徹底、二次污染嚴重。

2、槽式好氧發酵工藝。

生物有機肥流程圖：原料處理--加菌--混合--入槽--翻堆--二次加菌--混合--檢驗--包裝--出廠

優點：腐熟徹底、產品質量高、二次污染小

缺點：設備投入大、投資大。