生物有機肥是靠微生物的作用發揮增產作用的，其有效性取決于優良菌種、**菌劑和有效的施用方法。因此，生物有機肥合理施用的原則是：**，要保證菌肥有足夠數量的有效微生物；**，要創造適合于有益微生物生長的環境條件。
　　1.生物有機肥**選用質量合格的，質量低劣、過期的不能使用。菌肥**保存在低溫（*適溫度4～10℃）、陰涼、通風、避光處，以免失效。
　　2.微生物生長需要足夠的水分，但水分過多又會造成通氣不良，影響好氣性微生物的活動。因此，**注意及時排灌，以保持土壤中適量的水分。
　　3.生物有機肥中的微生物大多是好氣性的，如根瘤菌、自生固氮菌、磷細菌等。因此，施用菌肥**配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通氣良好。
　　4.微生物活動需要消耗能量。有機質是微生物的主要能源，有機質分解還能供應微生物養分。因此，施用生物有機肥時**配合施用有機肥料。
　　5.微生物生長需要多種養分。因此，**供應充足的氮磷鉀及微量元素。例如豆科作物生長的早期，**供應適量的氮素，以促進作物生長和根瘤的發育，提高固氮量；施磷肥能發揮以磷增氮的作用；適量的鉀鈣營養有利于微生物的大量繁殖；鉬是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，鉬肥與根瘤菌肥配合施用，可明顯提高固氮效率。